ViruSurf: An integrated database to investigate viral sequences

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Canakoglu, A.; Pinoli, P.; Bernasconi, A.; Alfonsi, T.; Melidis, D.P. et al.: ViruSurf: An integrated database to investigate viral sequences. In: Nucleic Acids Research 49 (2021), Nr. D1, S. D817-D824. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa846

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Kleine Vorschau
Zusammenfassung: 
ViruSurf, available at http://gmql.eu/virusurf/, is a large public database of viral sequences and integrated and curated metadata from heterogeneous sources (RefSeq, GenBank, COG-UK and NMDC); it also exposes computed nucleotide and amino acid variants, called from original sequences. A GISAID-specific ViruSurf database, available at http://gmql.eu/virusurf gisaid/, offers a subset of these functionalities. Given the current pandemic outbreak, SARS-CoV-2 data are collected from the four sources; but ViruSurf contains other virus species harmful to humans, including SARS-CoV, MERS-CoV, Ebola and Dengue. The database is centered on sequences, described from their biological, technological and organizational dimensions. In addition, the analytical dimension characterizes the sequence in terms of its annotations and variants. The web interface enables expressing complex search queries in a simple way; arbitrary search queries can freely combine conditions on attributes from the four dimensions, extracting the resulting sequences. Several example queries on the database confirm and possibly improve results from recent research papers; results can be recomputed over time and upon selected populations. Effective search over large and curated sequence data may enable faster responses to future threats that could arise from new viruses.
Lizenzbestimmungen: CC BY 4.0 Unported
Publikationstyp: Article
Publikationsstatus: publishedVersion
Erstveröffentlichung: 2020
Die Publikation erscheint in Sammlung(en):Forschungszentren

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